Ein rechtswidriger begünstigender Verwaltungsakt kann nach § 130 Abs. 2 AO nur dann zurückgenommen werden, wenn bei seinem Erlass von einem tatsächlich nicht gegebenen Sachverhalt ausgegangen oder das im Zeitpunkt seines Erlasses geltende Recht unrichtig angewandt worden ist; eine nachträgliche Änderung der Sach- oder Rechtslage hingegen macht einen ursprünglich rechtmäßigen Verwaltungsakt grundsätzlich nicht i.S. des § 130 AO rechtswidrig, es sei denn, es läge ein Fall steuerrechtlicher Rückwirkung vor.

Eine “nachträglich eingetretene Tatsache” i.S. des § 131 Abs. 2 Satz 1 Nr. 3 AO kann auch die steuerrechtliche Beurteilung eines Sachverhalts in einem anderen Bescheid sein, der Bindungswirkung für den zu widerrufenden Bescheid hat.

Wird ein Einkommensteuerbescheid geändert, weil die in ihm erfassten Lohnzahlungen wegen Festsetzungsverjährung nicht erfasst werden dürfen, kann die mit dem Einkommensteuerbescheid verbundene Anrechnungsverfügung, welche die auf den Lohn entrichtete Lohnsteuer angerechnet hatte, widerrufen werden.

BFH Urteil vom 9. Dezember 2008 VII R 43/07

Begründung:
Nach Erlass des Einkommensteueränderungsbescheids , in dem die Bezüge des Klägers als Geschäftsführer der GmbH nicht mehr der Besteuerung unterworfen worden sind, ist das FA berechtigt, die von diesen Bezügen von der GmbH einbehaltene und an das FA abgeführte Lohnsteuer nicht mehr gemäß § 36 Abs. 2 Nr. 2 EStG anzurechnen