Ein Arbeitnehmer kann die Lohnsteuer-Anmeldung des Arbeitgebers, soweit sie ihn betrifft, aus eigenem Recht anfechten. Nach dem Eintritt der formellen Bestandskraft der Lohnsteuer-Anmeldung kann der Arbeitnehmer eine Änderung der Anmeldung (§ 164 Abs. 2 AO) begehren.

Wird eine Zahlung des Arbeitgebers zu Unrecht dem Lohnsteuerabzug unterworfen, weil die Besteuerung der Zahlung abkommensrechtlich dem Wohnsitzstaat des Arbeitnehmers zugewiesen ist, hat der Arbeitnehmer einen Erstattungsanspruch in analoger Anwendung des § 50d Abs. 1 Satz 2 EStG 2002, der gegen das Betriebsstätten-Finanzamt des Arbeitgebers zu richten ist (Bestätigung der ständigen Rechtsprechung).

Eine Erfindervergütung für eine sog. Diensterfindung (§ 9 ArbnErfG) ist grundsätzlich steuerpflichtiger Arbeitslohn (§ 19 EStG 2002) und unterfällt der beschränkten Steuerpflicht gemäß § 49 Abs. 1 Nr. 4 Buchst. a EStG 2002. Dies gilt auch dann, wenn das Arbeitsverhältnis im Augenblick der Zahlung nicht mehr besteht.

Da eine Vergütung gemäß § 9 ArbnErfG regelmäßig nicht als konkrete Gegenleistung für eine Arbeitsleistung anzusehen ist, handelt es sich nicht um ein zusätzliches Entgelt "für" eine (frühere) Tätigkeit i.S. des Art. 15 Abs. 1 OECD-MustAbk, so dass eine Besteuerung nur im Ansässigkeitsstaat des (früheren) Arbeitnehmers erfolgt.

BFH  Urteil vom 21. Oktober 2009 I R 70/08